В недалеком будущем внезапное и необъяснимое повышение уровня моря оставило большую часть человеческой цивилизации под водой. Икаруга Нацуки, мальчик, потерявший мать и ногу в результате несчастного случая несколько лет назад, возвращается разочарованным из суровой жизни в большом городе и обнаруживает, что его старый загородный дом наполовину поглощен морем. Семьи не осталось, все, что у него есть, — это корабль и подводная лодка, унаследованные от его бабушки-океанолога, вместе с ее долгами. Единственная надежда Нацуки вернуть свои утраченные мечты заключается в возможности, предоставленной сомнительным коллектором долгов Кэтрин. Вместе они отправляются исследовать затонувшие руины лаборатории его бабушки, надеясь найти слухи о сокровище. Вместо богатств или драгоценностей они обнаруживают странную девушку, спящую в гробу на дне моря. Ее зовут Атри. Атри — робот, но ее реалистичная внешность и эмоциональная глубина могут легко обмануть любого, заставив его подумать, что она человек. Благодарная за спасение, она заявляет Нацуки: «Я хочу выполнить последний приказ своего хозяина. Пока я этого не сделаю, я буду твоей ногой!» В маленьком городке, медленно поглощаемом океаном, для этого мальчика и загадочной девушки-робота вот-вот наступит незабываемое лето...